С сегодняшнего дня, у меня при попытке зайти вконтакт.ру, выскакивает окно блокнота на экране, и просят для подтверждения того, что это я, выслать им СМСку. А у меня и антивирус стоит, и я дополнительно посмотрел может в процессах что то необычное есть. И самое главное, я вижу что страница вконтакте.ру – открыта. Но её заслоняет это окно. Что делать то?

М-да. Вот что надо будет сделать.
1. Зайти в настройки браузера, и удалить все расширения и дополнительные плагины, кроме флеш-плеера.
2. Сбросить настройки браузера до первоначальных(заводских).
3. В браузере удалить всю историю, куки, пароли. Всё под чистую.
4. На вашем антивирусе, установить высокий уровень защиты, и сделать тотальную проверку.
5. Переустановить ОС

Лично я никогда не предлагаю сносить операционку - зачем? Кроме того, это не избавит от файлового вируса, если он уже окопался в файлах данных и лежит в дистрибутивах. Так, убьешь пару часов на переустановку, и с загрузкой очередной программы вновь заразишь систему вирусом. Нелогично. Лучше искать корни заразы. Для этого есть прекрасный инструмент Олега Зайцева -- AVZ, к тому же бесплатная. Не выходя из нее, можно узнать многие поразительные факты о системе: откуда что грузится, какие службы запущены, где какие файлы связаны между собой. А надеяться только на антивирус глупо: он все равно время от времени будет подкидывать такие вот "подарки". Для начала я бы нашел и удалил файл под названием hosts...